A l'entrada del sanatori se situa el xicotet temple o capella. Dins la sèrie d’edificis que alberguen el conjunt, hi havia tres pavellons per a malalts, un altre per a monges religioses, un gran menjador, una clínica, banys, llavador, casa administració, alberg, cementeri, fins i tot central elèctrica i gasòmetre, a més d'una església regida, encara actualment, pels jesuïtes. 

El Sanatori de Fontilles va obrir les portes en 1909 per a atendre les persones afectades per lepra. Durant 119 anys, va acollir més de 3.000 persones que van trobar, així mateix, una llar i una família. El paper de Fontilles va ser fonamental per a aconseguir l’eliminació de la lepra a Espanya.

El temple de fundació jesuïta té l’església dedicada al fundador de l’ordre, sant Francesc de Borja. Es tracta d’un edifici de dimensions reduïdes d’una nau única. Hi destaca la façana de tipus retaule i estil neoclàssic, amb espadanya superior sense campana, que al seu lloc trobem un òcul circular que remata la coronació. Les cantoneres estan realitzades de rajoles travades, mentre que el mur de la façana és de maçoneria semipoligonal. La porta principal és de mig punt i, a sobre, hi ha una finestra geminada triple que destaca al centre.