En la entrada del sanatorio está situado el pequeño templo o capilla. Dentro de la serie de edificios que albergan el conjunto, había tres pabellones para enfermos, otro para monjas religiosas, un gran comedor, una clínica, baños, lavadero, casa administración, hospedería, cementerio, incluso central eléctrica y gasómetro, además de una iglesia regida, todavía actualmente, por los jesuitas.

El Sanatorio de Fontilles abrió sus puertas en 1909 para atender a las personas afectadas por lepra. Durante 119 años, acogió además de 3.000 personas que encontraron, asimismo, un hogar y una familia. El papel de Fontilles fue fundamental para conseguir la eliminación de la lepra en España.

El templo de fundación jesuita tiene la iglesia dedicada al fundador de la orden, san Francisco de Borja. Se trata de un edificio de reducidas dimensiones de una única nave. Destaca la fachada de tipo retablo y estilo neoclásico, con espadaña superior sin campana, que en su lugar encontramos un óculo circular que remata la coronación. Las esquinas están realizadas de baldosas trabadas, mientras que el muro de la fachada es de masonería semipoligonal. La puerta principal es de medio punto y, sobre esta, una ventana geminada triple destaca en el centro.