L'església de Sant Francesc de Paula del Ràfol d'Almúnia, datada al segle XVI, va ser probablement el primer temple cristià de la Rectoria. Es va edificar sobre l'antiga mesquita, i en el segle XVII es va tornar a construir un altre temple damunt. L'església actual és d'estil barroc i data del segle XVIII, ja que probablement al voltant de 1770 el temple es va cremar i va haver de reconstruir-se.

A l'interior del temple ens trobem amb una nau única de planta cruciforme inscrita en un rectangle, amb capelles laterals entre contraforts. La nau central està coberta amb volta de canó amb llunetes sobre arcs torals i el creuer té una volta bufada més gran.

Tota l'ornamentació descoberta és pròpia del llenguatge classicista. Podem trobar una imatge antiga de sant Francesc de Paula de l'escultor Esteve i Bonet i també hi ha una altra imatge antiga de sant Josep atribuïda a l'escultor Vergara.

A l'exterior hi destaca l'accés marcat amb carreus neoclàssics diferenciat de la façana nua de retaule i una torre campanar quadrada de dos cossos.