L'ermita de Sant Joan es considera la més interessant de les que hi ha al municipi de Dénia. El 13 de desembre de 1979 va ser declarada BIC en la categoria de Monument. Abans, al segle XVII, va ser seu de Confraria de Negres, formada per esclaus africans cristianitzats.
El seu origen datat de finals del segle XIII configura un temple primitiu gòtic, humil i reduït. No obstant això, com la major part d'ermites, ha patit diverses remodelacions al llarg de la història.
Així, entre altres coses, a la fi del segle XVI, s'hi va afegir un pòrtic renaixentista, posteriorment s'hi va afegir un habitatge per a l'ermità, i en el segle XVIII s'hi va construir l'espadanya.
L'exterior de l'ermita ens presenta un temple precedit per un porxo renaixentista amb un pòrtic preciós llavorat en pedra, el qual emmarca la porta d'accés amb un arc de mig punt sobre pilastres quadrangulars i, a cada costat, sengles buits rectangulars, tot això tancat amb reixa moderna de forja. Així mateix, a la capçalera, s'hi adossa l'habitatge de l'ermità, actualment sagristia. Tots tenen coberta independent de teules a doble vessant. L'espadanya, amb la seua campana, s'alça en la divisòria del porxe i la capella.
Una creu de pedra i adorns piramidals als cantons rematen el capcer. La planta rectangular de l'ermita té un banc corregut a l'interior, sòl de rajoles i coberta de bigues de fusta. La porta d'accés, de mig punt format per dovelles, s'obri a la capella.
En l'interior, la nau està dividida en tres trams per dos arcs diafragmàtics apuntats. La coberta segueix l'estil del porxe i el paviment, del segle XVII, la qual alterna lloses de fang cuites i taulells de manises blanques i verdes. Diverses finestres altes en els dos laterals deixen passar la llum.
A la part frontal hi ha una xicoteta fornícula vidrada per a la imatge de sant Joan Baptista. (1)
(1) Seser Pérez, Rosa. «L’ermita de Sant Joan de Dénia i la confraria dels “negres”: Una confraria d’esclaus i una tradició religiosa i festiva amb 500 anys d’història». Aguaits, 2006, Núm. 23, p. 7-18, https://raco.cat/index.php/Aguaits/article/view/70763.