Ens trobem en la part posterior del temple, l’absis, orientat al nord-est. És un cas curiós, perquè l’església està desplaçada respecte a la resta del parcel·lari urbà. Les esglésies construïdes a propòsit de nova planta procuraven sempre seguir l’eix correcte est-oest, així que el fet que aquesta estiga desplaçada sembla respondre a la teoria popular que abans de l’església hi havia una mesquita, el mur d’oració de la qual, anomenat quibla, estaria al lateral dret, orientat correctament al sud-est, en direcció a la Meca.

Si bé és cert que la gran part del temple que veiem hui en dia és de les reformes del segle XVII, antigament hi havia una ermita originària del segle XIV on la imatge principal era una talla de la Mare de Déu de la Misericòrdia, desapareguda durant la Guerra Civil.

Senija fou elevada a rectoria de moriscos depenent de Benissa l’any 1535, i finalment separada i constituïda com a parròquia pròpia l’any 1569. Molt probablement, d’aquesta època dataria l’arc apuntat de clar estil gòtic realitzat amb rajoles, una tècnica molt utilitzada en construccions públiques de zones més rurals per a abaratir costos respecte als arcs apuntats de pedra afaiçonada que podem observar en grans construccions d’aquella època com la Llotja de la Seda de València.

Dins de l'arc, trobem una reproducció d'un panell ceràmic valencià del segle XVIII representant la Mare de Déu dels Desemparats, que es conserva dins l’església. Aquest panell ceràmic consta de dotze taulells d'uns 21 x 21 centímetres, l’anomenat “pam valencià”, característica fonamental de la taulelleria valenciana del segle XVIII.